防水层要想达到最佳的防水效果与基层状况以及施工规范性有关，一旦操作不当，防水效果就会大打折扣。首先在铺设防水涂料之前，先要保证基层表面的干净、整洁，否则易在施工时因穿刺而失去防水作用。同时表面含水率不大于9%，否则会形成基面与防水层分离的现象。针对南方湿度大的情况，工人在施工时需要回填、砂浆找平、然后防水，并且最好在砂浆层凝固后就进行防水施工，否则达不到涂料施工基面含水率不大于9%的要求。
其次施工单位在施工过程中，防水层应刷2~3遍，并且应增设玻纤布,每遍涂刷的固化物厚度不得低于1毫米，并应在其完全干燥后再进行下一遍施工。涂刷结束后,还应在涂料防水层上再做一道砂浆保护层，最后再粘贴瓷砖。
施工单位通常选择刚性材料与柔性材料一起进行防水施工，并且在施工前需保证基层表面的洁净，各节点位置都收头整齐、完备，符合要求。防水层施工可分为两道程序，第一道为铺设柔性防水层，第二道是刚性防水层。
施工单位在铺设柔性防水层，即可选择涂料或卷材。不过施工前先检查基层的含水率是否低于9%，一般在天气炎热且连晴5天以后的夏季施工。完工后，应做蓄水实验。
涂料防水相对来说复杂一些，首先施工单位清理干净基层后，先刷一遍涂料，等其干燥成膜后，在铺设一层玻纤布胎体增强材料。同事需在已展平的表面上满刷一层涂料固定，待干燥后进行下一遍涂料施工。防水涂膜的总厚度应在3毫米以上。
而防水卷材施工就比较简单一些，首先清理好基层后，直接在卷材反面和基层表面刷粘结胶，按弹好的基准线按顺序的粘贴、辊压防水卷材。施工完成后做接缝收头检查处理。
在开始铺设刚性防水层前，应与第一道防水层间隔两天左右的时间再施工。刚性防水层材料主要以高级脂肪酸类砂浆防水剂、水泥、砂子、纤维等基本材料构成，防水层厚度应为2-3厘米左右。
刚性防水层需按要求安装分格木条后，洒水使基面湿润，但表面不得有积水。
按由远到近、先高后低的顺序，将配制好的砂浆或细石混凝土进行逐个分格施工，同一分格一次完成，抹平压实。
等待砂浆凝固后，工人可取出分格木条，压光并修整分格缝。刚性防水层施工完成后注意洒水养护。如有屋面种植土，最好尽快用种植土覆盖住。
屋面的防水工程不仅包括了屋面的防水处理，同时也包括了屋面的保温隔热的处理。屋面防水层的施工质量直接关系到建筑物的使用的寿命。一般在施工需要注意以下问题：
(1)屋面根据形状的不同可分为平屋面、坡屋面以及异型屋面，按照使用功能的不同可分为非上人屋面和上人屋面;此外，按其保温隔热的功能可分为保温隔热屋面及非保温隔热的屋面情况，不同的屋面施工方式也不一样。
(2)屋面的防水工程为了加强防水效果一般都采用刚性防水材料和柔性防水材料，根据屋面的具体情况来选择合适的防水材料。
(3)避免在雨天进行防水卷材和保温施工，否则防水效果大打折扣。并且卷材防水层的找平层要符合质量要求，在规定的干燥程度下施工。
(4)防水层施工时对于拐角、天沟、屋脊、搭接处、收头等重要位置，要仔细铺平贴紧、压实，为了加强防水效果可在屋面拐角、天沟、水落口、屋脊等部位要加铺卷材附加层。
(5)施工单位在铺设防水卷材时尽量动作轻一些，避免过度拉紧和皱折。保证基层与卷材间排气要充分，向横向两侧排气后用辊子压平粘实。
(6)防水材料在铺设时要严格按照基层所弹标线施工，并且铺设保温层时要保护好防水层。