市面上所有的筷子消毒机从工作原理上可以分为两类，一类是机械式一类是自动式。所谓机械式筷子消毒机，就是指消毒时间没有办法调整，由装机的程序决定，一般是固定消毒时间;消毒过程无从掌握;出筷子过程需要人工辅助，在一次出筷子工作结束后，当顾客拿走所有的筷子后，需要轻轻按压一下机箱底下或侧面的出筷键，否则消毒机不会推出筷子，而且筷子用完后不会启动报警装置。
自动式筷子消毒机也叫微电脑筷子消毒机，因为在设计上采用了人机对话模式，所以消毒时间可以人为调整，消毒过程可以通过LED显示，直观性强，出筷子过程无需人工辅助，均实现自动化，即自筷子放入消毒箱，接通电源，设定消毒时间后直到所有的筷子用完机器自动报警，全程无需人工辅助，实现真正的自动化。两种机型最显著的区别是有没有LED显示屏。
实验说话
据悉，有记者借来一台某牌子的全自动筷子消毒机、准备200多双某饭店、食堂使用过的筷子，拿到广西局技术中心的国家食品农产品安全检测重点实验室，请专家进行微生物检测。
该实验室的陈立军博士、韦梅良硕士进行了现场试验。将筷子分为三组，两组分别人为地添加了两种代表细菌，即金黄色葡萄球菌和大肠杆菌;一组只进行常规清洗。随后按照操作说明用同一消毒机消毒，到不同的时间段，分别从筷子消毒机上取出“已消毒”的筷子，按照《GB 14934-1994食(饮)具消毒卫生标准》进行检测。
韦梅良展示的三组试验结果均显示，与未进行过消毒的筷子相比，消毒5分钟(消毒程序自动出筷时间)，只能杀灭40%~70%的细菌;消毒10~15分钟，仅能杀灭70%~90%的细菌;消毒20分钟，杀灭90%左右细菌。消毒时间越长，对细菌的杀灭效果越好。而值得关注的是，即使消毒20分钟(厂家设定20分钟消毒完成)，也不能有效杀灭细菌(按国家标准《GB 17988-2008食具消毒柜安全和卫生要求》，杀菌率应≥99.9%)。
专家高见
根据检测结果来看，目前市面上使用的筷子消毒机虽有一定的消毒效果，但即使严格按照厂家设定的程序规范使用，其消毒效果也不理想。加之有些餐馆可能为了省事或省电，省略了清洗、晾干、保持通电等步骤，导致消毒效果更不理想，使得筷子消毒机成为一种摆设。
广西检验检疫局技术中心的陈立军博士说，紫外线将氧分子转化为臭氧分子需要一定的时间，只有把筷子放入消毒机消毒半小时以上，并保持电源持续连接才可能起到消毒作用。如果病原微生物不能被完全杀死，可通过筷子在人与人之间传播，可能会引起人的一些疾病，比如说胃肠道不适等。
陈立军建议，筷子消毒机使用用户，要加强管理，严格控制消毒时间，将消毒时间延长到30分钟以上。从目前的情况来说，最简易、最实用的消毒方式就是热消毒方式，比如蒸煮消毒10分钟以上就可以达到灭菌消毒的效果。
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