1.外用药物
可以给与2%酮康唑洗剂外用，连续使用7～10天;2%二硫化硒洗剂外用，7～19天。面积较小的患者，或由于各种原因不能口服抗真菌药物的患者，可以给予1%联苯苄唑乳膏/凝胶、2%咪康唑乳膏、2%酮康唑乳膏、2%益康唑乳膏，疗效均较好。特比萘芬、布替萘芬、萘替芬等丙烯胺类抗真菌药物同样有效。阿莫罗芬和环吡酮胺作为新型抗真菌药物，也可以应用于花斑糠疹的治疗。由于花斑糠疹难以治愈，容易复发，间歇重复用药以保证感染的根除，有的时候还可以先用洗剂清洗后再外用药物，能提高疗效。
2.系统治疗
对于面积较大或者反复发作的患者，可以给予伊曲康唑，酮康唑，氟康唑等唑类药物口服治疗。注意口服灰黄霉素和特比萘芬对花斑糠疹疗效差，不用于治疗花斑糠疹。
致病菌系一类嗜脂性酵母，称为马拉色菌。此类真菌是正常皮肤的腐生菌，仅在某些特殊情况下如高温高潮，局部多脂多汗，卫生条件不佳等，糠秕孢子菌寄生密度增加，由腐生酵母菌转化为菌丝型方可致病。此菌仅侵犯角质层浅层而不引起真皮的炎症反应。本病遍布世界各地，常见于相对湿度较高的热带和温带地区。青年人，特别是男青年，由于活动多而出汗多，更容易发生花斑糠疹。花斑糠疹还多见于应用皮质类固醇激素的人，因这类人的表皮细胞更换周期延长，有利于真菌生长，若停用激素后花斑糠疹即好转。此外，身体虚弱、营养不良、糖尿病以及妊娠都可诱发本病。