虹吸式马桶的工作原理，是借冲洗水在便器的排污管道内充溢水后构成的虹吸现象，将污物排走。虹吸水便器的构造特性是便器体内有一个完好的管道。外形呈侧倒状“S”形，应用给水时的水位差促进虹吸作用的构成，由于不借水力冲走污物，所以池壁坡度较缓，池底也扩展了存水面积，排污过程也就相对较慢。虹吸式马桶的管道走得相对较高，且管道较细长，这也是虹吸马桶冲水安静的原因之一。而管径越小，虹吸效果越明显，抽水力度就越大。
喷射虹吸式马桶：这是一种虹吸式便器的改进型，其结构特点是在虹吸式便器的基础上增设一个喷射附道，喷射口对准排污管道入口的中心，喷射口径通常为20毫米。水箱供来的水通过水圈时，部分由分水孔流出清洗池壁后落入池内，部分经过喷射附道由喷射口射出。其作用是借其较大的水流冲力将污物排入排污管道内。同时借其大口径的水流量加速充满排污管道以促进虹吸作用加速形成，由于其喷射流是在水下进行的，因此减少了噪声。此种产品在设计上，有意识地扩大了存水面积，限制存水深度，因此防臭、防溅效果佳。
漩涡虹吸式马桶：利用冲洗水从池底排污孔的侧上方喷出形成漩涡，随着水位的增高充满排污管道，当便池内水面与便器排污口形成水位差时，虹吸形成，污物随之排出，其结构与其他虹吸基本相似，只有供水管道设于便池下部，并通入池底，这种便器最大的优点就是利用了漩涡和虹吸两种作用，漩涡使其周围的水面产生强大的向心力，使上面的液体和污物迅速地被卷入漩涡中，又随虹吸的生成而排走，因此排污过程迅速彻底，防臭、防污效果更佳，噪声更小。
利用虹吸原理必须满足三个条件
1、管内先装满水(或液体)。
2、管的最高点距上容器的水面高度不得高于大气压支持的水柱高度。
3、出水口比上容器的水面必须低。这样使得出水口液片受到向下的的压强(大气压加水的压强)大于向上的大气压。保证水的流出。
由于压强差在起作用。当弯管两侧中同一液面的压强不同时，管中的水(或其它液体)就会向着压强较小的一侧流动。
由于虹吸式马桶的特殊结构，因此其在使用过程中容易堵塞，为了使的虹吸式马桶在使用过程中不会被堵塞，因此首先还得要求消费者在使用过程中要养成良好的习惯，对其进行合理的保养。下面是常用的几种疏通方法。
1、可以找一根半寸宽的竹条伸进马桶里疏通可以解决问题，在解决问题的过程中一定要谨慎。
2、很多时候马桶多冲冲水，自己会通了的，尤其如果是泥土、纸一类的可溶或可打散物品的话。如果是油腻住了，那么冲一盆开水下去化开它。
3、买点烧碱，烧开水把烧碱融化，倒入马桶。过十几分钟就什么都通了。
4、买个揣子，自己下手掏。
5、可以买条泥鳅放入蹲便器中，用温水倒入做便器中，泥鳅遇热便会拼命往下钻，来达到通做便器的目的。如果没有什么硬的东西，一般会通的。
6、那种老式拖帕，把马桶装一半的水，然后用拖帕使劲地往洞里压几下，动作要快点，靠压力把它弄通。
7、用一个比较长的软通气管插进去，往里边通气，然后冲水。
8、你去日用杂货店购买一个简易通厕器，往蹲便器倒满水，然后用通厕器吸盆对准蹲便器口猛抽几下，是利用其空气压力通了的。
9、注满水，扔几个肥皂头进去泡，增大润滑功能。
10、找疏通管道的专业人士。